Ông sinh năm Đinh Mão (1807) tại làng Long Tuyền, tổng Định Thới, huyện Vĩnh Định, phủ Định Viễn, trấn Vĩnh Thanh (nay thuộc phường Bùi Hữu Nghĩa, quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ). Cha ông tên Bùi Hữu Vị, làm nghề chài lưới.

Mặc dù thông minh và chăm chỉ, nhưng vì nhà quá nghèo nên Bùi Hữu Nghĩa chỉ theo học chữ Hán được mấy năm. Sau vì mến tài ông, một nhà giàu cùng xóm họ Ngô giúp ông lên Biên Hòa ngụ nơi nhà Hộ trưởng Nguyễn Văn Lý (về sau được ông Lý gả con cho), và theo học với thầy Đỗ Hoành[1].

Năm 1835 ông đỗ Giải nguyên (thủ khoa) kỳ thi Hương ở Gia Định, vì thế ông được gọi là Thủ Khoa Nghĩa.

Được bổ chức quan

Sau khi đỗ, Bùi Hữu Nghĩa ra Huế dự thi Hội nhưng trượt. Tuy vậy, ông vẫn được triều đình cho tập sự ở bộ Lễ, rồi bổ làm Tri huyện Phước Chính, thuộc phủ Phước Long, tỉnh Biên Hòa (nay thuộc tỉnh Đồng Nai)[2].

Nhưng với bản tính liêm chính, Bùi Hữu Nghĩa không được quan trên ưa, nên ông bị đổi làm Tri huyện Trà Vang[3] (tức Trà Vinh, lúc bấy giờ thuộc tỉnh Vĩnh Long), dưới quyền của Tổng đốc Trương Văn Uyển và Bố chánh Truyện (Lê Khánh Trinh).

Khi làm Tri huyện Trà Vinh, Bùi Hữu Nghĩa được tặng thưởng tiền Phi Long hạng lớn vì có công bắt giữ một giám mục đạo Thiên Chúa ở tỉnh Vĩnh Long là Đô-ni-my-cô[4].

Ở nơi mới, Bùi Hữu Nghĩa cũng không được lòng quan trên bởi có lần ông cho đánh đòn em vợ bố chính Truyện bởi thói xấc láo. Cho nên nhân vụ Láng Thé, ông bị họ khép tội chết.

Vụ án Láng Thé

Trà Vang là một địa bàn cộng cư của các tộc người Kinh, Hoa, Khmer, nhưng đông nhất là tộc người Khmer.

Nguyên trước kia, vào năm 1783, khi chúa Nguyễn Phúc Ánh (về sau là vua Gia Long) bị quân Tây Sơn đánh đuổi phải về đây trú ẩn, không những chúa được người Khmer chia sẻ lương thực mà còn tình nguyện theo phò giúp. Vì vậy, khi lên ngôi vua, Gia Long đã xuống chiếu miễn thuế vĩnh viễn cho tất cả người Khmer đến khai thác nguồn lợi thủy sản ở rạch Láng Thé thuộc huyện Trà Vang. Thấy nguồn lợi lớn, một số địa chủ người Hoa đã đem tiền lo lót Bang biện Tống Văn Uyển (mới được điều đến đóng quân để quản người Khmer, do trùng tên với Tổng đốc Trương Văn Uyển nên thường bị lầm là Tổng đốc Uyển)[5] và Bố chánh Truyện để giành quyền khai thác cá tôm ở con rạch trên.

Bị bức ép, tháng 10 năm Mậu Thân (1848), một số người Khmer do ông trưởng Sóc Nhêsrok dẫn đầu đã kéo đến gặp Tri huyện Bùi Hữu Nghĩa để khiếu kiện. Biết được hành động tham gian của quan trên và hành động ỷ quyền của nhóm người Hoa, ông phán xử:

Việc tha thuế thủy lợi là ơn huệ của vua Thế Tổ (Gia Long) ban cho dân Thổ (Khmer), nay ai nhỏ hơn vua Thế Tổ mà dám đứng bán rạch ấy, thì có chém đầu nó cũng không sao!".

Nghe vậy, những người dân Khmer kéo nhau đến nhà những người Hoa tranh cãi dẫn đến xô xát, làm phía người Hoa chết 8 người.

Nhân cơ hội này, Tổng đốc Uyển và Bố chánh Truyện cho bắt những người Khmer gây án, đồng thời bắt luôn Bùi Hữu Nghĩa giam ở Vĩnh Long rồi giải về Gia Định, đệ sớ lên triều đình tố cáo ông đã kích động dân Khmer làm loạn và lạm phép giết người.

Nhận được tin dữ, vợ ông là Nguyễn Thị Tồn, đã quá giang ghe bầu, vượt sóng gió ra Huế.

Bấy giờ, Phan Thanh Giản đang làm Thượng thư bộ Lại, Nguyễn Thị Tồn tìm đến tư dinh ông Phan trình bày hết mọi việc, rồi nghe theo lời khuyên, bà đến Tam pháp ty gióng trống "kích cổ đăng văn" (đánh trống, đội đơn) kêu oan cho chồng.

Sau sự kiện chấn động này, Bùi Hữu Nghĩa được vua Tự Đức tha tội chết, song phải chịu "quân tiền hiệu lực", tức bị đày làm lính ở đồn Vĩnh Thông thuộc tổng Châu Phú (Châu Đốc) [6], đoái công chuộc tội.

Vĩnh Thông (Vinh Thong) nằm bên bờ bắc kênh Vĩnh Tế trên đoạn biên giới (Saom - An Nông) đối diện với Vĩnh Lạc (Lạc Quới Tri Tôn), An Nông, Tịnh Biên.

Từ quan

Đền thờ và mộ Bùi Hữu Nghĩa sau lần trùng tu năm 1987.

Khi thực dân Pháp đánh chiếm ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ, năm 1862, Bùi Hữu Nghĩa xin từ quan về quê dạy học, bốc thuốc chữa bệnh cho dân và làm thơ (lúc này ông lấy hiệu là "Liễu Lâm chủ nhân")[2]. Nhà ông là nơi các sĩ phu yêu nước gặp gỡ, bàn bạc việc chống Pháp cứu nước [7]

Ông lâm bệnh và mất ngày 21 tháng giêng năm Nhâm Thân (1872), thọ 65 tuổi.